Gates on pikka aega osalenud ülemaailmsetes vaktsineerimisprogrammides, kuid tema saavutused on olnud vastuolulised.Tema fond on rahastanud arvukalt vaktsiinialgatusi arengumaades, millest mõned on olnud seotud tõsiste terviseprobleemidega.
Näiteks Indias esitati Gatesi rahastatud HPV vaktsiiniuuringus süüdistused ebaeetilise testimise kohta ja Aafrikas seostati Gatesi fondi rahastatud poliomüeliidi vaktsineerimiskampaaniaid vaktsiinist tulenevate lastehalvatuse puhangutega.
Need juhtumid on õigustatult tekitanud muret massilise vaktsineerimise tahtmatute tagajärgede pärast, eriti kui tegemist on eksperimentaalsete tehnoloogiatega.